Od 1997. do 2002. godine član je inicijalnog projektnog tima za funkcionalni dizajn zgrade novog Istraživačkog instituta u Zagrebu. 2003. godine postaje voditelj Istraživačkog instituta u Plivi, a od 2004. godine voditelj je razvojnih projekata u Istraživačkom institutu u Plivi. Dvije godine kasnije prelazi u Globalni razvoj poslovanja Plive na mjesto direktora korporativnih proizvoda. 2007. godine postaje direktor podrške tržištima Plive. 2009. godine prelazi iz Plive u Hrvatsku poštu na mjesto izvršnog direktora za trading. 2011. godine odlazi u GlaxoSmithKline za managera razvoja poslovanja za Jugoistočnu Europu. 2013. godine preuzima funkciju direktora prodaje i bolničkog poslovanja za Jugoistočnu Europu u Pliva/TEVA gdje radi do 2017. godine. Diplomirao je 1995. godine na Fakultetu kemijskog inženjerstva i tehnologije Sveučilišta u Zagrebu. 2004. godine postaje magistar prirodnih znanosti, Kemija, na Fakultetu kemijskog inženjerstva i tehnologije Sveučilišta u Zagrebu. Završio je Master of Business Administration (MBA), Erasmus - Rotterdam School of Management u Rotterdamu. Tijekom karijere usavršavao se na brojnim management i znanstvenim programima te Acceleration Pool programu edukacije u Plivi.
Marko Đerek je član Uprave Podravke d.d. od srpnja 2017.