Branka Perković je započela karijeru 1980. godine u Podravki gdje je obavljala pravne poslove u djelokrugu radnog, imovinskog i trgovačkog prava. Od 1990. godine vodi službu za imovinsko-pravne poslove i gospodarsko pravo. Od 1994. do 1996. godine obavlja poslove stručnog suradnika za međunarodne poslove u Uredu generalnog direktora. U svibnju 1996. godine postaje članom Tima za restrukturiranje, koji radi na projektu restrukturiranja Podravke prema profitabilnom rastu u suradnji s konzultantskom tvrtkom A. D. Little. U siječnju 1997. godine imenovana je tajnicom Uprave i Nadzornog odbora Podravke. U rujnu 1997. imenovana je za člana Uprave Podravke, glavnog direktora za kadrove i pravo, a u ožujku 2000. imenovana je za izvršnog direktora za kadrove i pravo Podravke. Položila je pravosudni ispit. Članicom Uprave Belupa imenovana je u svibnju 2005. te na novi mandat ponovno u svibnju 2010. Za glavnog tajnika Grupe Podravka imenovana 1. travnja 2012. godine, zadužena za organizacijske cjeline na razini Grupe: Ured Uprave, Ured predsjednika i članova Uprave te Pravne poslove.
Za članicu Nadzornog odbora Belupa d.d. izabrana je 3. travnja 2015. na mandat u trajanju od četiri godine, a u 2017. godini imenovana je članicom Revizorskog odbora.

Diplomirala je 1980. godine na Pravnom fakultetu Sveučilišta u Zagrebu.  Godine 1994. dodijeljen joj je certifikat SEFIC londonske Komore za trgovinu i industriju. 1999. godine završila je opći menadžerski program Poslovne škole Bled. Završila je program Proffesional Diploma in Retailing Management na Leeds Metropolitan University. U međunarodnom poslovanju ima iskustvo u poslovima povezanima s prodajom, intelektualnim vlasništvom, strateškim partnerstvima i akvizicijama.